O Departamento de Gestão da Conta Única do Tesouro tem a seguinte estrutura orgânica:

• Repartição de Gestão de Fundos;

• Repartição de Contas Bancárias.
  

O Departamento de Gestão da Conta Única do Tesouro é o serviço da DNT responsável pela gestão da Tesouraria Central do Estado e superintende a Caixa do Tesouro junto do Banco de Moçambique.

Constituem funções do Departamento de Gestão da Conta Única do Tesouro:

a) Zelar pelo equilíbrio financeiro do Estado;
b) Assegurar a gestão da Tesouraria do Estado e superintender a Caixa do Tesouro junto dos bancos;
c) Gerir a rede de cobranças do Estado e dos meios de pagamento do Tesouro;
d) Propor medidas de ajustamento temporal dos abastecimentos das tesourarias provinciais e demais operações do tesouro;
e) Assegurar atempadamente as transferências financeiras para o financiamento das despesas nas províncias e nos sectores em conformidade com os limites estabelecidos;
f) Elaborar as contas do Tesouro;
g) Gerir a Conta Única;
h) Exercer outras funções que lhe sejam atribuídas por lei ou determinadas superiormente.